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地铁类的问题是著名的月经贴。原因在于，多数人只关注自己的城市，导致问题被反反复复提来提去。
实际上这个问题很有意思，适合于所有城市。
第一：是以地名命名还是以火车站命名？
答：地铁站的命名，首先考虑的是，服务尽可能多的人口。根据情况选。
与大家所设想的不同，实际上，地铁站的客流远远高于火车站。中国的火车站一天几万就是超级大站了，但是对于地铁来说，很多站入闸都可以达到每日几万，十几万，换乘更是远远高于这个数字。这个周边住宅区商业区的人流量，远比去坐火车的人多得多。
即使是深圳火车站这样的大站，也不过在春运期间突破了十万人次，平日不过几万。楼主所说的深圳东火车站，春运客流一日一万多，布吉地铁站一日的客流就达到了五万，多数不去深圳东站。布吉站巨大的公交换乘，周边大量的居民区，巨大的换乘，才是这个站的主要任务。
换句话说，如果火车站旁边的地铁站，服务周边居民多于服务火车站的话，命名为所在区域、街道的名字，更有利于居民出行。火车站？附注一个就好了。「我住布吉街，你到布吉车站给我打电话吧~」多顺。
（布吉站确实计划改名，但是原因是觉得「布吉」有「不吉」的意义，这儿讲究点风水，不是因为深圳东站更重要。）
其他例子都是这样的，一看就知道：
罗湖口岸过关的人远远多于去深圳火车站，所以叫「罗湖站」（深圳地铁1号线）
去西直门办公居住的人远远多于去北京北火车站（这个站客流很低），所以叫「西直门站」（北京地铁2、4、13号线）
到醉白池公园去的当地人远多于冷清的松江火车站，所以叫「醉白池站」（上海地铁9号线）
杭州火车站周边地区被杭州市民称为城站，照顾居民方便叫法，所以叫「城站站」。
反之，
北京西站、北京站、深圳北站的出入站客流基本以坐火车为主。所以叫「北京西站」、「北京站」、「深圳北站」
第二：后面要不要加「火车站」、「高铁站」等等三个字？
答：不加是和国际习惯接轨，加是天朝特色。
实际上，在世界上很多国家，大都市的火车都是参与市郊通勤和市内运输的。但是中国的铁道部不知道怎么回事，就是对于大都市通勤铁路不肯做（基本都是地方在推动）。这导致了我们地铁在命名的时候，基本把火车站当做一个和机场、港口一样的长途对外交通枢纽，是不同的两个站，会习惯加上「XX火车站」之类的，和「XX机场」、「XX港」是一个思路。
但是很多国家，铁路系统部分也是都市通勤系统，火车站被看成也是和地铁站类似的地方，这样地铁站命名为「XX火车站」就不合适，而是被叫做地铁「XX」站、国铁「XX」站，体现是两个的类似性，可换乘。
深圳、广州深受香港影响，这方面和国际接轨不奇怪，实际上，深圳北站在地铁系统内部叫做「深圳北」站。
【本段含有本人判断，请仔细辨别】
总结一下，深圳东站、深圳站旁边的地铁站命名是合理的，关键是由于周边有更重要的对象要服务。为了照顾尽可能多的人。
以上
附注：
北京：
北京北火车站——西直门
上海：
松江火车站——醉白池
广州：
庆盛高铁站——庆盛
深圳：
深圳东火车站——布吉
深圳火车站——罗湖
福田高铁站——福田、市民中心
香港：
红磡火车站——红磡
西九龙高铁站——九龙、柯士甸
台北：
板桥火车站——板桥
南港火车站——南港
